La Comisión es administrada por un Consejo compuesto por el Ministro de Minería, quien lo preside; el Ministro de Hacienda; lo integran también dos representantes designados por el Consejo del Banco Central de Chile; y dos por Decreto Supremo por el Presidente de la República.

El Vicepresidente Ejecutivo de Cochilco, elegido a través del Sistema de Alta Dirección Pública, es el representante legal y jefe administrativo de la misma. El cuerpo directivo de la Institución, que lo presid​e el Vicepresidente Ejecutivo, lo integran también el Fiscal, los directores de Estudios y Políticas Públicas; de Fiscalización, de Evaluación de Inversiones y Gestión Estratégica, y el Secretario General.